TABLE 2.
Identification of strains isolated by aerobic culture (B) and anaerobic culture (F) and clones generated with primer sets K and L
| Bacteria | No. of isolates/clones
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Sample 1
|
Sample 2
|
Sample 3
|
Sample 4
|
Sample 5
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M
|
A
|
M
|
A
|
M
|
A
|
M
|
A
|
M
|
A
|
||||||||||||||||||||||||||||||||
| B | F | K | L | B | F | K | L | B | F | K | L | B | F | K | L | B | F | K | L | B | F | K | L | B | F | K | L | B | F | K | L | B | F | K | L | B | F | K | L | ||
| Proteobacteria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Acinetobacter C1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Acinetobacter junii | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Escherichia coli | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Neisseria mucosa | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Neisseria subflava | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas sp. | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Actinobacteria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Actinomyces C1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Actinomyces C2 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Actinomyces A15 | 1 | 1 | 3 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Actinomyces georgiae | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Actinomyces israelii | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Actinomyces naeslundii | 1 | 5 | 3 | 4 | 1 | 3 | 2 | 12 | 1 | 1 | 3 | 6 | 4 | 3 | 5 | 20 | 2 | 1 | |||||||||||||||||||||||
| Actinomyces odontolyticus | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Atopobium parvulum | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Atopobium rimae | 2 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bifidobacteriaceae C1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bifidobacterium dentium | 1 | 1 | 3 | 2 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Brachybacterium muris | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Corynebacterium matruchotii | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Kocuria kristinae | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Olsenella C1 | 4 | 21 | 19 | 8 | 14 | 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Olsenella profusa | 3 | 3 | 1 | 14 | 3 | 4 | 13 | 4 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Olsenella uli | 2 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Parascardovia denticolens | 3 | 4 | 1 | 3 | 5 | 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Propionibacterium acnes | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Propionibacterium FMA5 | 6 | 2 | 4 | 1 | 14 | 9 | 6 | 8 | 1 | 3 | 4 | 1 | 1 | 1 | 2 | 2 | |||||||||||||||||||||||||
| Rothia dentocariosa | 1 | 16 | 1 | 2 | 6 | 1 | 1 | 1 | 2 | 3 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Scardovia C1 | 1 | 1 | 2 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Scardovia inopinata | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Firmicutes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bulleidia moorei | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Centipeda periodontii | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Lachnospiraceae C1 | 1 | 3 | 1 | 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Lactobacillus C1 | 2 | 13 | 2 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Lactobacillus C2 | 2 | 1 | 2 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Lactobacillus buchneri | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Lactobacillus casei | 2 | 6 | 2 | 2 | 3 | 14 | 6 | 2 | 3 | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 2 | 2 | 12 | 3 | 1 | 13 | |||||||||||||||||||||
| Lactobacillus colehominis | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Lactobacillus crispatus | 2 | 1 | 5 | 3 | 9 | 8 | 21 | 24 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Lactobacillus fermentum | 1 | 2 | 3 | 1 | 1 | 3 | 2 | 2 | 4 | 9 | 1 | 1 | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||
| Lactobacillus gasseri/johnsonii | 2 | 4 | 24 | 15 | 5 | 4 | 60 | 4 | 1 | 3 | 2 | 7 | 3 | 1 | 7 | 1 | 28 | 16 | 5 | 2 | 20 | 21 | |||||||||||||||||||
| Lactobacillus oris | 1 | 11 | 10 | 2 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Lactobacillus pentosus/plantarum | 3 | 1 | 1 | 1 | 1 | 10 | 12 | 3 | 3 | 16 | 43 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Lactobacillus reuteri/panis | 1 | 9 | 1 | 2 | 1 | 1 | 3 | 13 | 1 | 1 | 9 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||
| Lactobacillus rhamnosus | 8 | 3 | 15 | 35 | 9 | 6 | 1 | 13 | 9 | 7 | 44 | 1 | 14 | 7 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||
| Lactobacillus salivarius | 3 | 7 | 5 | 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Lactobacillus vaginalis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Megasphaera C1 | 1 | 3 | 4 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Micrococcus luteus | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Peptostreptococcus P4 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Peptostreptococcus micros | 8 | 2 | 2 | 2 | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Selenomonas C1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Selenomonas C2 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Selenomonas noxia | 1 | 1 | 3 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Selenomonas sputigena | 1 | 3 | 5 | 4 | 3 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Shuttleworthia satelles | 4 | 11 | 1 | 3 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Staphylococcus epidermidis | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Staphylococcus haemolyticus | 3 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Staphylococcus hominis | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Staphylococcus warneri | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Streptococcus anginosus | 2 | 1 | 1 | 8 | 13 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Streptococcus C1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Streptococcus C2 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Streptococcus C3 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Streptococcus C4 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Streptococcus C5 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Streptococcus C6 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Streptococcus C7 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Streptococcus C8 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Streptococcus constellatus | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Streptococcus cristatus | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Streptococcus gordonii | 1 | 1 | 1 | 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Streptococcus intermedius | 5 | 3 | 2 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Streptococcus mitis/oralis | 2 | 7 | 3 | 1 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Streptococcus mutans | 9 | 4 | 50 | 36 | 6 | 8 | 38 | 26 | 2 | 8 | 9 | 66 | 2 | 1 | 4 | 2 | 2 | 3 | 1 | 5 | 4 | ||||||||||||||||||||
| Streptococcus parasanguis | 4 | 5 | 1 | 1 | 4 | 3 | 1 | 4 | 1 | 2 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Streptococcus salivarius | 1 | 2 | 1 | 8 | 7 | 9 | 2 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Streptococcus sanguinis | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Streptococcus sobrinus | 1 | 1 | 3 | 3 | 5 | 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Veillonella atypica | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Veillonella dispar | 2 | 9 | 6 | 3 | 9 | 15 | 1 | 2 | 1 | 3 | 3 | 3 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
| Veillonella parvula | 2 | 1 | 7 | 5 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bacteroidetes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Capnocytophaga C1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Flavobacteriaceae C1 | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Prevotella C1 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Prevotella C2 | 5 | 3 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Prevotella denticola | 9 | 2 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Prevotella intermedia | 2 | 3 | 3 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Prevotella oris | 3 | 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Prevotella oulorum | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Prevotella veroralis | 1 | 3 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Synergistes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Synergistes C1 | 1 | 2 | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Fusobacteria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Fusobacterium C1 | 1 | 23 | 24 | 8 | 4 | 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Fusobacterium C2 | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Leptotrichia C1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Spirochaetes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Treponema denticola | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Total | 15 | 20 | 80 | 80 | 13 | 25 | 80 | 80 | 14 | 25 | 78 | 80 | 15 | 25 | 80 | 80 | 14 | 25 | 80 | 80 | 15 | 25 | 80 | 80 | 15 | 24 | 80 | 80 | 0 | 13 | 80 | 74 | 15 | 23 | 80 | 74 | 15 | 24 | 80 | 71 | |