TABLE 2.
Bacterial strains used to evaluate the specificities of multiplex PCRs and the multiplex PCR results
| Bacterium | Strain no. | Antigen structure
|
PCR resulta
|
|||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Phage type | O antigen | H-1 | H-2b | tyv | fliC-d | viaB | fliC-a | prt | ||
| Salmonella enterica | ||||||||||
| Serovar Typhi | 990116 | D1 | 9,12,[Vi] | d | − | + | + | + | − | + |
| Serovar Typhi | 990120 | E1 | 9,12,[Vi] | d | − | + | + | + | − | + |
| Serovar Typhi | 990005 | UVS1 | 9,12,[Vi] | d | − | + | + | + | − | + |
| Serovar Typhi | 990006 | A | 9,12,[Vi] | d | − | + | + | + | − | + |
| Serovar Typhi | 990007 | E1 | 9,12,[Vi] | d | − | + | + | + | − | + |
| Serovar Typhi | 990008 | E1 | 9,12,[Vi] | d | − | + | + | + | − | + |
| Serovar Typhi | 990009 | E1 | 9,12,[Vi] | d | − | + | + | + | − | + |
| Serovar Typhi | 990012 | E1 | 9,12,[Vi] | d | − | + | + | + | − | + |
| Serovar Typhi | 990014 | E1 | 9,12,[Vi] | d | − | + | + | + | − | + |
| Serovar Typhi | 990037 | D1 | 9,12,[Vi] | d | − | + | + | + | − | + |
| Serovar Typhi | 980096 | 46 | 9,12,[Vi] | d | − | + | + | + | − | + |
| Serovar Typhi | 980111 | DVS | 9,12,[Vi] | d | − | + | + | + | − | + |
| Serovar Typhi | 980077 | UVS1 | 9,12,[Vi] | d | − | + | + | + | − | + |
| Serovar Typhi | 980014 | UVS1 | 9,12,[Vi] | j | − | + | +c | + | − | + |
| Serovar Typhi | GIFU9954 | Rough | d | − | + | + | + | − | + | |
| Serovar Paratyphi A | 000055 | 1 | 1,2,12 | a | [1,5] | − | − | − | + | + |
| Serovar Paratyphi A | 000056 | 1 | 1,2,12 | a | [1,5] | − | − | − | + | + |
| Serovar Paratyphi A | 990110 | 2 | 1,2,12 | a | [1,5] | − | − | − | + | + |
| Serovar Paratyphi A | 970083 | 2 | 1,2,12 | a | [1,5] | − | − | − | + | + |
| Serovar Paratyphi A | 960007 | 3 | 1,2,12 | a | [1,5] | − | − | − | + | + |
| Serovar Paratyphi A | 000001 | 4 | 1,2,12 | a | [1,5] | − | − | − | + | + |
| Serovar Paratyphi A | 000041 | 4 | 1,2,12 | a | [1,5] | − | − | − | + | + |
| Serovar Paratyphi A | 990081 | 5 | 1,2,12 | a | [1,5] | − | − | − | + | + |
| Serovar Paratyphi A | 970032 | 5 | 1,2,12 | a | [1,5] | − | − | − | + | + |
| Serovar Paratyphi A | 990046 | 6 | 1,2,12 | a | [1,5] | − | − | − | + | + |
| Serovar Paratyphi A | 990103 | 6 | 1,2,12 | a | [1,5] | − | − | − | + | + |
| Serovar Chester | 99023 | 1,4,[5],12 | e,h | e,n,x | − | − | − | − | − | |
| Serovar Agona | 99076 | 1,4,[5],12 | f,g,s | [1,2] | − | − | − | − | − | |
| Serovar Oranienburg | 99026 | 6,7,14 | m,t | [z57] | − | − | − | − | − | |
| Serovar Infantis | 99063 | 6,7,14 | r | 1,5 | − | − | − | − | − | |
| Serovar Litchfield | 99087 | 6,8 | l,v | 1,2 | − | − | − | − | − | |
| Serovar Hadar | 99114 | 6,8 | z10 | e,n,x | − | − | − | − | − | |
| Serovar Enteritidis | 99109 | 1,9,12 | [f],g,m,[p] | [1,7] | + | − | − | − | + | |
| Serovar Javiana | 99112 | 1,9,12 | l,z28 | 1,5 | + | − | − | − | + | |
| Serovar Senftenberg | 99017 | 1,3,19 | g,[s],t | − | − | − | − | − | − | |
| Serovar Grumpensis | 99089 | 13,23 | d | 1,7 | − | + | − | − | − | |
| Serovar Poona | 99108 | 1,13,22 | z | 1,6 | − | − | − | − | − | |
| Serovar Typhimurium | 1363 | 1,4,[5],12 | i | 1,2 | − | − | − | − | − | |
| Serovar Enteritidis | 1364 | 1,9,12 | [f],g,m,[p] | [1,7] | + | − | − | − | + | |
| Serovar Weltereden | 1365 | 3,10[15] | r | z6 | − | − | − | − | − | |
| Serovar Durban | S-222 | 9,12 | a | e,n,Z15 | + | − | − | + | + | |
| Serovar Strasbourg | S-214 | 9,46 | d | 1,7 | + | + | − | − | + | |
| Serovar Ndolo | S-154 | 1,9,12 | d | 1,5 | + | + | − | − | + | |
| Serovar Paratyphi C | GIFU12823 | 6,7,[Vi] | c | 1,5 | − | − | + | − | − | |
| Serovar Dublin | GIFU13011 | 1,9,12[Vi] | g,p | − | + | − | + | − | + | |
| Citrobacter freundii | Vi+ | − | −d | − | − | − | ||||
| Yersinia pseudotuberculosis | 1b | − | − | − | − | − | ||||
| Yersinia pseudotuberculosis | 2a | − | − | − | − | − | ||||
| Yersinia pseudotuberculosis | 2b | − | − | − | − | − | ||||
| Yersinia pseudotuberculosis | 4a | − | − | − | − | − | ||||
| Yersinia pseudotuberculosis | 4b | − | − | − | − | − | ||||
| Yersinia pseudotuberculosis | 5b | − | − | − | − | − | ||||
| Yersinia enterocolitica | O3 | − | − | − | − | − | ||||
| Yersinia enterocolitica | O5 | − | − | − | − | − | ||||
| Yersinia enterocolitica | O8 | − | − | − | − | − | ||||
| Yersinia enterocolitica | O9 | − | − | − | − | − | ||||
| Vibrio cholerae eltor Ogawa | O1 | − | − | − | − | − | ||||
| Vibrio cholerae eltor Inaba | O1 | − | − | − | − | − | ||||
| Vibrio cholerae | O139 | − | − | − | − | − | ||||
| Vibrio cholerae | non-O1, non-O139 | − | − | − | − | − | ||||
| Vibrio mimicus | − | − | − | − | − | |||||
| Vibrio parahaemolyticus | − | − | − | − | − | |||||
| Vibrio fluvialis | − | − | − | − | − | |||||
| Aeromonas hydrophila | − | − | − | − | − | |||||
| Aeromonas sobria | − | − | − | − | − | |||||
| Aeromonas caviae | − | − | − | − | − | |||||
| Escherichia coli | − | − | − | − | − | |||||
| Shigella dysenteriae | − | − | − | − | − | |||||
| Shigella flexneri | − | − | − | − | − | |||||
| Shigella boidyii | − | − | − | − | − | |||||
| Shigella sonnei | − | − | − | − | − | |||||
a
+, PCR positives −, PCR negative.
b
−, no H-2 phase.
c
H1-j antigen.
d
Our primers for the viaB gene did not react with Vi antigen genes of C. freundii.