Table 3.
Sample pathway activity. The individual sample pathway activity p-values and sign for each pathway and six of the van 't Veer breast cancer samples. Bold face indicates significant (i.e. p-value ≤ 0.05) pathway activity in the sample. ER notation as in Table 1.
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | |
| ER-induced | 0.7066(-) | 0.0000(+) | 0.4822(+) | 0.1648(+) | 0.4106(+) | 0.0072(+) |
| EDAR | 0.0052(-) | 0.1514(-) | 0.1294(-) | 0.8566(+) | 0.0010(-) | 0.0008(-) |
| IL-1 | 0.0074(-) | 0.0416(-) | 0.0158(-) | 0.3848(+) | 0.0088(-) | 0.0002(-) |
| RANK | 0.0058(-) | 0.1506(-) | 0.1340(-) | 0.8598(+) | 0.0022(-) | 0.0008(-) |
| TNF-α | 0.0014(-) | 0.1744(-) | 0.2596(-) | 0.4044(+) | 0.0030(-) | 0.0006(-) |
| EGF network | 0.2868(-) | 0.3030(-) | 0.4522(-) | 0.9360(-) | 0.2138(-) | 0.0000(-) |
| ER | 0.9994(-) | 0.0002(+) | 0.3074(+) | 0.7624(+) | 0.7886(-) | 0.0002(+) |
| ER-induced (v) | 0.4940(-) | 0.0136(+) | 0.1670(+) | 0.3060(+) | 0.3310(+) | 0.3750(+) |
| TLR4 | 0.1584(-) | 0.2572(-) | 0.2624(-) | 0.7778(+) | 0.1856(-) | 0.0000(-) |
| fMLP | 0.0122(-) | 0.0432(-) | 0.0004(-) | 0.7188(+) | 0.0362(-) | 0.0268(-) |
| Insulin | 0.9274(-) | 0.0182(-) | 0.3926(-) | 0.6116(+) | 0.7898(+) | 0.0172(-) |
| ER (v) | 0.9382(-) | 0.0084(+) | 0.0680(+) | 0.0806(+) | 0.3266(-) | 0.0802(+) |
| TGFβ network | 0.1102(+) | 0.7054(+) | 0.8274(-) | 0.3528(-) | 0.7902(-) | 0.2550(-) |
| c-Kit | 0.2892(-) | 0.0282(-) | 0.3000(-) | 0.7884(-) | 0.0470(-) | 0.2398(-) |
| ER-repressed (v) | 0.3518(+) | 0.0566(+) | 0.0588(+) | 0.0426(+) | 0.0034(-) | 0.0536(+) |
| VEGF | 0.6526(-) | 0.3174(+) | 0.4388(-) | 0.9372(-) | 0.8526(-) | 0.8608(-) |
| IL-10 | 0.3984(-) | 0.5984(+) | 0.8164(-) | 0.8188(+) | 0.2442(-) | 0.7698(+) |
| IFN | 0.3934(-) | 0.7678(+) | 0.4792(-) | 0.7824(+) | 0.5702(-) | 0.7430(-) |
| PRL | 0.3984(-) | 0.7726(+) | 0.4794(-) | 0.7840(+) | 0.5782(-) | 0.7344(-) |
| TPO | 0.3852(-) | 0.7500(+) | 0.4736(-) | 0.8056(+) | 0.5588(-) | 0.7388(-) |
| PDGF | 0.9488(+) | 0.4568(-) | 0.6370(-) | 0.5418(-) | 0.6680(+) | 0.4060(-) |
| Oncostatin M | 0.2746(-) | 0.2986(-) | 0.1848(-) | 0.1428(+) | 0.7450(+) | 0.0046(-) |
| T-cell antigen receptor | 0.2092(-) | 0.1006(-) | 0.0094(-) | 0.9426(+) | 0.6404(-) | 0.3304(+) |
| B-cell antigen receptor | 0.1978(-) | 0.1040(-) | 0.0142(-) | 0.9484(+) | 0.6508(-) | 0.3222(+) |
| IL-12 – STAT4 | 0.3458(+) | 0.4402(+) | 0.8902(+) | 0.6424(+) | 0.1982(-) | 0.9878(-) |
| ER-repressed | 0.5724(+) | 0.4596(+) | 0.3936(+) | 0.1784(-) | 0.0830(-) | 0.0158(+) |
| IL-2 – STAT5 | 0.1816(-) | 0.8828(-) | 0.4774(-) | 0.7768(-) | 0.3486(+) | 0.0376(-) |
| IL-4 – STAT6 | 0.8268(-) | 0.1670(-) | 0.9212(-) | 0.3412(-) | 0.1430(+) | 0.1510(-) |
| Wnt | 0.8484(-) | 0.1054(-) | 0.0878(-) | 0.5868(-) | 0.3756(-) | 0.5084(-) |